Das „OFFIS – Institut für Informatik“, wurde am 6. Juli 1991 als erstes An-Institut der Carl von Ossietzky Universität Oldenburg in der Rechtsform eines eingetragenen gemeinnützigen Vereins gegründet.
Das Institut wird von einem vierköpfigen Vorstand geführt, den Vorsitz hat Prof. Dr. Sebastian Lehnhoff inne. Die Verantwortung für das Management des Instituts obliegt dem Geschäftsführer Dr. Holger Peinemann.
Die anwendungsorientierten Bereiche Energie, Gesellschaft, Gesundheit und Produktion werden strategisch von Bereichsausschüssen geführt, denen neben den im Bereich aktiv tätigen Professorinnen und Professoren auch die hauptamtlichen Bereichsleiter angehören. Die Bereiche sind wiederum in oft stärker technologisch ausgerichtete Gruppen strukturiert, die von erfahrenen Gruppenleiterinnen und Gruppenleitern geführt werden.
Zur Stimulierung des bereichsübergreifenden, technologieorientierten, wissenschaftlichen Diskurses sind Competence Cluster eingeführt worden. Diese haben keine Budget- oder Personalverantwortung. Sie werden von Wissenschaftlichen Leitern geführt und von Gruppenleitern oder promovierten WissenschaftlerInnen administriert.
Das Institutsmanagement gliedert sich in fünf Abteilungen, die jeweils von einer Abteilungsleiterin oder einem Abteilungsleiter geführt werden.